Монсеньор д-р Евгений Босилков е разстрелян през 1952 г. в 23:30 ч. в Централния софийски затвор, а 46 г. по-късно, на 15 март 1998 г. е провъзгласен за Блажен от Папа Йоан Павел ІІ
След смъртта на Монсеньор Дамян Теелен, отец Евгений Босилков е назначен на 13 август 1946 г. за Администратор на русенската епархия – в очакване на избора на нов Никополски Епископ. На 26 юли 1947 г. Отец Евгений Босилков е номиран за Епископ на Никополска Епархия от Папа Пий ХІІ. На 7 октомври 1947 г. с небивало тържество се извършва ритуала по въвеждането в епископски сан на отец д-р Евгений Босилков в Катедралния храм “Свети Павел от Кръста” в град Русе. Най-забележителното поздравление към него е на Кмета на град Русе, който прегръща новия владика, казвайки: “Двама последователи на Христа, единият комунист, а другият владика се прегръщат и целуват – знамения на времената”. Монсеньор Евгений Босилков започва своя епископат с ентусиазъм и големи надежди за преуспяване на Никополската Епархия, като пръв епископ българин.
Още на следващата година 1948 г. започват обаче да се надигат тъмни облаци над хоризонта за Католическата църква в България. По това време той е в Холандия, Белгия и Италия. На 19 септември 1948 г. е на аудиенция при Светия Отец Папа Пий ХІІ, от когото получава голяма морална и духовна подкрепа. Навсякъде неговите приятели и събратя от Холандия и Италия го съветват да остане и да не се завръща в България, но той отговаря: “Аз съм пастир и трябва да бъда при стадото си”.
Един след друг се издават закони срещу Католическата църква в България. През 1948г. е приет Закон за закриване на училищата в България, ръководени от религиозни общества. През 1949 г. Закон за вероизповеданията, с който се забранява да свещенодействат в България свещеници чужденци, които незабавно трябва да напуснат България. Преследването става все по-тежко и жестоко. Естествено режимът насочва вниманието си върху Монсеньор Евгений.
През месец септември 1951 г. при едно посещение в семинарията, пред студентите– богослови заявява следното: “От настаналото положение много съм притеснен и обезпокоен, ако се случи нещо с мен, така че да бъда принуден да се съглася или да се призная за виновен в нещо пред властта, което да е в разрез с моята съвест, да знаете че аз не съм бил в пълно съзнание”. Навежда глава и се просълзява. И наистина опасенията на Монсеньор Евгений Босилков се сбъдват. На 16 юли 1952 г. е задържан и отведен в затвора в София. Обвиненията са, че поддържа кореспонденция с чужбина. В същия ден са арестувани и други свещеници и миряни. На 21 септември 1952 г. българските вестници публикуват на първите си страници официалното обвинение за опит за събаряне на народната власт срещу арестуваните като шпиони в полза на Ватикана и френското разузнаване. На 29 септември 1952 г. в Съдебната палата в София започва съдебният процес против Католическата църква в България. На 3 октомври 1952 г. съдебният трибунал, след като приема изфабрикуваните доказателства, произнася присъдата: смърт за Евгений Босилков и конфискация на имуществото му за шпионаж в полза на Ватикана и на френското разузнаване, за развиване на подривна дейност срещу държавата. На 11 ноември 1952 г. д-р Евгений Босилков е разстрелян в 23:30 ч. в Централния софийски затвор.
След процеса комунистическият режим затваря семинариите и одържавява жилищата на свещеници и монахини, както и всички имоти на Католическата църква в България.
